Scaphyglottis é um gênero de orquídeas neotropicais com 78 espécies, mas sua identidade específica permanece incerta devido aos numerosos complexos de espécies. As filogenias existentes o definem como monofilético, mas muitos clados apresentam politomias ou baixo suporte. Este estudo visa reconstruir a história evolutiva e biogeográfica de Scaphyglottis usando uma abordagem filogenética. O projeto amostrará espécies em toda a distribuição do gênero e empregará a tecnologia ddRADseq para sequenciamento. O objetivo é gerar uma filogenia robusta, identificar caracteres sinapomórficos para refinar a taxonomia e delinear a história evolutiva do gênero, importante para sua conservação.